韓国軍と北朝鮮の発表に最も大きな差が出ている部分の一つが、遺体を焼却したかどうかだ。しかし韓国の海洋警察庁は、29日の中間捜査結果の発表でも、この部分をはっきりと明らかにはしなかった。海警は「国防部(省に相当)の資料を見ると、北朝鮮軍の銃撃により死亡したとなっている」とした上で「遺体の毀損(きそん)の程度は確認できなかった」と発表した。29日、イさんの遺体に「燃料油をかけて焼け」という北朝鮮軍の通信を韓国軍が確保していた事実が判明したが、この問題となると与党・政府・青瓦台(大統領府)いずれも「南北共同調査が必要」としつつ言葉を渋っている。与党からは「遺体毀損の部分は軍が判断を誤った」という声まで上がった。
青瓦台は、北朝鮮の立場が明らかになってから5日目の29日になってもなお、この問題について何ら言及していない。青瓦台のある関係者は「(遺体焼却という)軍の判断にまだ変化はないらしい」としつつ「北朝鮮との共同調査が必要なのも、各種の論争を整理する必要があるから」と語った。
与党「共に民主党」もこの問題には踏み込まない様相を呈している。与野党の立場の差から前日は採択が白紙となった「対北糾弾決議案」も、遺体毀損についての表現が問題になった。野党は、韓国軍の発表通り「遺体を焼き」という表現を書き込もうと主張する一方、民主党はこれに反対した。